三房心的形成机制至今尚不明确。左侧三房心和右侧三房心的胚胎学发病机制并不相同。左侧三房心的发生机制目前仍不十分清楚。广为接受的异常汇入假说认为胚胎第5周共同肺静脉不完全汇入左房导致了三房心。右侧三房心的发生机制亦不甚清楚。由于右侧三房心的纤维肌肉间隔在右房内的位置较低,故而目前认为,右侧三房心的发病是因为右侧窦静脉瓣未退化所
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