甘氨酸镁一般不可以长期服用，长期服用可能会对肠胃功能造成异常的影响，甚至引起肝功能受损。
甘氨酸镁是一种膳食补充剂，一般在按医嘱正确服用期间，可以对偏头痛、焦虑、失眠或是便秘等症状有效缓解或减轻。只不过甘氨酸镁在服用期间会对肠胃功能造成一定的刺激，服用后可能会引起消化不良、脘腹胀气甚至是腹泻等症状，长期服用可导致肝功能受损，从而引起乏力、消瘦或是黄疸等表现，所以不宜长期用药。
正常在服用甘氨酸镁期间，若引起肠胃不适症状者，建议在医生的指导下调整用药剂量或停药，防止肠胃组织持续受到刺激和影响。长期服用导致肝功能受损者，建议全面停药，进一步对肝功能进行检查并结合临床表现，按医嘱采取保肝护肝类药物进行治疗，如甘草酸二铵胶囊、护肝片等。
通常在服用甘氨酸镁期间，务必要定期复查肝肾功能，并且观察身体方面的变化。一般不与其他药物同时服用，更要禁止摄入酒精。服用药物期间需补充足量维生素，多吃橙子、苹果等食物，不宜进食辛辣食物，如辣椒或是胡椒等。
