通常情况下，药流后40天能流干净。药物流产是通过使用药物来终止早期妊娠的一种方法，常用的药物是米非司酮和米索前列醇。米非司酮可以使子宫蜕膜变性、坏死，形成坏死、剥脱而形成流产；米索前列醇可以促使子宫收缩，帮助胚胎及其附属物排出体外。
在药流后的一段时间内，子宫会持续收缩，促使残留的蜕膜组织等逐渐排出。一般来说，大部分女性在药流后的2周左右，阴道出血会逐渐停止，宫腔内的残留物也基本排净。到药流后40天，身体经过一段时间的恢复和调整，子宫基本恢复至未孕状态，宫腔内通常已无残留组织。
不过，也有少数女性可能会出现药流不全的情况。这可能与个体对药物的敏感性不同、胚胎着床位置异常等因素有关。比如，有些女性的子宫收缩能力较差，就可能导致部分蜕膜组织无法及时排出，从而出现药流后长时间阴道出血、腹痛等症状，这种情况下40天可能就流不干净，需要及时就医进行清宫等处理。
药流后要保持外阴清洁，避免性生活和盆浴1个月，以防感染。注意休息，避免过度劳累，加强营养，促进身体恢复。如果出现阴道出血增多、腹痛加剧等异常情况，应随时复诊。
