一般来说，肛瘘复发期通常在术后1个月至6个月。
肛瘘手术后的创面愈合需要一定时间，在这个过程中，如果局部护理不当、引流不畅或者患者自身抵抗力较差等，都可能导致复发。术后1个月内，创面还处于初步愈合阶段，肉芽组织生长，若此时受到粪便等污染，易引发感染导致复发。而1 - 6个月期间，虽然创面大体愈合，但局部的组织修复还不够完善，肛瘘的瘘管可能存在残留或者再次形成，尤其是一些复杂肛瘘，复发风险相对较高。
从更广泛的角度看，肛瘘复发也可能在术后6个月以后。部分患者由于生活习惯不良，如长期饮酒、吃辛辣刺激性食物，导致肛周局部充血，或者存在一些基础疾病影响了身体的恢复能力，使得肛瘘在较长时间后复发。另外，手术时如果没有准确找到内口并彻底清除，也是后期复发的重要隐患。
日常应保持肛周清洁，便后及时清洗，避免局部刺激。饮食宜清淡，多吃蔬菜、水果，保持大便通畅。同时，要适当锻炼，增强体质，提高自身抵抗力，降低肛瘘复发的风险。
