肛瘘的手术治疗方法主要包括肛瘘切开术、肛瘘切除术、挂线疗法、肛瘘栓填充术等。
1. 肛瘘切开术：
通过手术将肛瘘的瘘管全部切开开放，靠肉芽组织生长使伤口愈合。适用于低位肛瘘，在局部麻醉下，将探针从外口插入，经瘘管在内口穿出，沿探针方向切开瘘管。
2. 肛瘘切除术：
将瘘管全部切除直至健康组织。适用于低位单纯性肛瘘。手术中先确定内口位置，将瘘管及其周围瘢痕组织一并切除，使伤口从底部开始向上逐渐愈合。
3. 挂线疗法：
利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘。适用于距肛门3 - 5cm 内，有内、外口的低位或高位单纯性肛瘘，或作为复杂性肛瘘切开、切除的辅助治疗。将橡皮筋或药线从外口穿过瘘管，从内口引出，然后拉紧并结扎。
4. 肛瘘栓填充术：
是一种微创手术方法，将生物材料制成的肛瘘栓填充到肛瘘内，促进瘘管愈合。适用于经括约肌肛瘘且不伴有脓肿的患者。通过将肛瘘栓置入瘘管内，期望达到封闭瘘管的目的。
肛瘘患者在手术后，需要注意保持肛门局部清洁，避免久坐，饮食上应注意多吃蔬菜、水果，保持大便通畅。同时，要按照医生的要求定期复查，以便及时发现并处理可能出现的问题。
