小便时肾疼可能是由多种原因引起的，如泌尿系统结石、泌尿系统感染、肾积水、肾炎、肾囊肿等。
1. 泌尿系统结石：尿液中某些物质浓度过高，形成结晶并逐渐增大成为结石。可引起肾区疼痛，疼痛可向下腹部及会阴部放射。治疗方法包括多喝水、多运动，促进结石排出，必要时可采用体外冲击波碎石或手术取石。
2. 泌尿系统感染：细菌等病原体侵入泌尿系统引起感染。除肾疼外，还可伴有尿频、尿急、尿痛等症状。需使用抗生素进行抗感染治疗，同时注意多饮水，以冲洗尿道。
3. 肾积水：尿路梗阻导致尿液排出受阻，引起肾积水。肾积水可导致腰部胀痛。治疗需解除梗阻，如去除结石、肿瘤等，恢复尿液正常引流。
4. 肾炎：免疫反应或炎症反应导致肾小球损伤。可出现肾区疼痛、蛋白尿、血尿等。治疗包括休息、对症治疗，如控制血压、消肿等，必要时使用免疫抑制剂。
5. 肾囊肿：肾脏出现囊性肿物。当囊肿较大时，可引起肾区疼痛。较小的囊肿一般无需治疗，定期复查即可；较大的囊肿可考虑穿刺抽液或手术治疗。
在日常生活中，应注意保持良好的生活习惯，如适量饮水、避免憋尿、注意个人卫生等。如出现小便肾疼的症状，应及时就医，明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。
